Hola Ignacio,
Para trabajar con gvSIG en principio no hay mucho problema, a no ser que hagas un uso intensivo de los algoritmos de SEXTANTE.
El asunto de la placa base no lo mencionamos porque debe ser una placa acorde con el procesador. Simplemente asegurarse de que tenga varios slots para la memoria RAM y que sea capaz de soportar al menos 16 GB de memoria RAM.
Saludos!